Il Museo Civico si trova all’interno della chiesa di San Domenico, edificio quattrocentesco di ispirazione rossettiana. L’evoluzione degli insediamenti e degli assetti urbani, le forme della cultura e delle istituzioni sono i temi di questo museo, che arricchiscono il quadro delle informazioni del sistema ecomuseale argentano. L’allestimento si completa inoltre con Il Museo dei Piccoli, percorso dedicato ai giovani visitatori. Al suo interno sono collocate la sezione archeologica e la pinacoteca che svolgono due importanti funzioni:

documentare la cultura materiale, i popolamenti e gli insediamenti, dalle forme sparse emergenti dalle paludi, agli assetti urbani cinti da mura, nel contesto di un ambiente da sempre dominato dalla presenza delle acque, che hanno influenzato in maniera determinante la formazione dei nuclei abitativi;
raccogliere le opere pittoriche, scultoree e lapidee rintracciate nei numerosi edifici religiosi e civili del territorio argentano.
L’edificio al suo interno ospita diversi affreschi risalenti al XVI sec., tra cui i medaglioni raffiguranti i frati domenicani, nelle pareti sovrastanti le nicchie, e le storie di San Giovanni Battista con i Dottori della Chiesa protetti dai quattro evangelisti, nell’abside. Dal 2012, il museo accoglie inoltre la cassa d’organo e una piccola parte di cantoria risalenti al 1724. Questi, che in origine erano collocati all’interno della chiesa di San Giovanni, furono realizzati su commissione della Confraternita dei Battuti Bianchi da Giandomenico Bersani Traeri, figlio d’arte di una delle più importanti dinastie organarie operanti tra il XVII e il XVIII secolo nel bresciano, fino ad arrivare a Modena e Bologna.

La Sezione archeologica, collocata nella parte centrale della chiesa, raccoglie reperti rinvenuti dagli scavi effettuati sul territorio argentano fra il 1980 e il 1993